Z BioFizInfo
Skocz do: nawigacja, szukaj
m (Materiały z wykładów)
Linia 68: Linia 68:
 
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
 
:[[Media:Analiza energii.pdf | Analiza energii]]
 
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
 
:[[Media:energia.txt | Skrypt do liczenia energii opisany w prezentacji (proszę zmienić txt na conf)]]
 +
:[[Media:Analiza_energii.pdf | Analizy energetyczna symulacji dynamiki molekularnej ]]
  
 
[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]-->
 
[[Media:raport3.pdf | '''Szablon do raportu III''' - dokowanie]]-->

Wersja z 09:20, 16 sty 2018

Materiały przygotowujące do wejściówki z Linuxa

katalogi

vi

narzędzia systemowe

(plik do pracy dla tego skryptu to plik z ćwiczenia 2 ze skryptu vi)

sed

przeadresowanie

potoki

dostęp zdalny

Materiały przygotowujące do kartkówki z aminokwasów

Właściwości aminokwasów

Struktura aminokwasów

Materiały z wykładów

Wykład 1: Białka - na podstawie Molecular Conceptor'a - spis zagadnień

Slajdy uzupełniające do Molecular Conceptor'a

Wykład 2: Modelowanie homologiczne

Wykład 3: Modelowanie białek ab initio / de novo

Proponuję poczytać wykład pana Daniela E. Kahne dotyczący termodynamiki zwijania białek ze strony Life Sciences 1A [1]
oraz publikację profesora Andrzeja Kolińskiego o modelach zredukowanych z 2007 roku [2]

Wykład 4: Mechanika i dynamika molekularna, dynamika Monte Carlo, dynamika Brownowska

Wykład 5: Lek od pomysłu do wdrożenia

Wykład 6: Lek - miejsce działania

Wykład 7: Komputerowe wspomaganie projektowania leków

Wykład 8: Komputerowe wspomaganie projektowania leków - QSAR

Proponuję poczytać wykłady z Molecular Conceptor'a jest to dobre uzupełnienie do wykładów 6 -8


Materiały z ćwiczeń

Szablon do raportu I - analiza białek

Prezentacja struktury pliku PDB

Publikacje do raportu II

-publikacja 1
-publikacja 2


Szablon do raportu II - kompleks topoizomeraza I - SRSF6

Procedura przygotowania układu do dynamiki molekularnej w pakiecie NAMD/VMD

Przygotowanie plików
Pliki do dynamiki molekularnej